Ngày 29 tháng 11 năm 1963, Tổng thống Lyndon Baines Johnson bổ nhiệm Dulles là một trong bảy ủy viên của các Warren Ủy ban điều tra các vụ ám sát Tổng thống MỸ John F. Kennedy. Các cuộc hẹn sau đó đã bị chỉ trích bởi một vài nhà sử học đã có lưu ý rằng Kennedy đã bắn ông ta, và ông là do đó không phải là công bằng trong qua những phán xét tính cho Ủy ban Warren. Theo quan điểm của nhà giả Stephen Kinzer, Johnson bổ nhiệm Dulles chủ yếu là vì vậy, Dulles, có thể "huấn luyện viên" Ủy ban làm thế nào để phỏng vấn CIA nhân chứng và phải hỏi gì, bởi vì Johnson và Dulles đều lo lắng để đảm bảo rằng các Ủy ban đã không khám phá Kennedy bí mật của sự tham gia trong chính quyền của bất hợp pháp kế hoạch ám sát Castro và các nhà lãnh đạo nước ngoài.[20]

Vào năm 1966, Đại học Princeton,'s Mỹ tiếc lời thậm tệ-Cliosophic xã Hội trao Dulles các James Madison giải Thưởng cho Phân biệt dịch Vụ Công cộng.[21]

Dulles xuất bản cuốn sách Nghề của trí Tuệ vào năm 1963[22] và biên tập sự Thật Tuyệt vời câu Chuyện gián Điệp trong năm 1968.

Ông đã chết vào ngày 29 tháng 1 năm 1969, của cúm, phức tạp bởi viêm phổi, ở tuổi của 75, ở Georgetown, DC[23] Ông được chôn cất ở Núi Xanh Nghĩa trang ở Baltimore, Maryland.[24]